就在四川裴家军如火如荼，一点点增加自己实力的时候，北方的大明迎来了一次重大的危机。
早在崇祯五年，蒙古风云变幻，科尔沁彻底投靠了皇太极，内喀尔喀五部全军覆没，察哈尔部的八个鄂托克中，奈曼和敖汉两部被逼向皇太极投降，蒙古共主黄金家族的直属后裔，林丹汗在草原上陷入孤立无援的境地。
同时，由于还垂涎于右翼蒙古的势力，做着趁机歼灭右翼蒙古，借他们的人口与财富，恢复他蒙古共主的地位的美梦，于大明天启七年，林丹汗于是以察哈尔部八鄂托克之一的多罗特留守故地，率数万众西迁。
虽然此次西迁，收获颇丰，获得了右翼蒙古的人口与财务，但在草原上，林丹汗的名声一落千丈。蒙古是一个狼群，而狼群不需要一个只会逃窜的头狼作为他们的首领。
于是，等皇太极率军攻入察哈尔旧地，大批留在察哈尔的部落，根本没有进行反抗，便向皇太极献出了自己的忠诚。
崇祯四年，回过味的林丹汗恼羞成怒，亲自率军东征西拉木伦河，侵袭已降金的阿鲁科尔沁达赉楚琥尔牧地，带走了塞棱阿巴海的部众。皇太极自然不肯示弱，亲率两千名精锐骑兵赶来。
然而，来势汹汹的林丹汗，在关键时候却又怂了，赶在皇太极攻来之前，便已撤走。此外，他还杀了漠北外喀尔喀诸部派到右翼的使者，引起漠北诸部的恐慌。
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经此一战，皇太极彻底看穿了林丹汗的怯懦，无能以及贪鄙，于是起了彻底剿灭林丹汗，并吞草原之心。
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崇祯六年，草原的风霜比往年足足早了一个月，归化城外原本简单的农业，颗粒无收，不仅如此，不知从哪兴起大疫，开始在草原上传播开来，蒙古诸部几入绝境，兵员减损严重。整个察哈尔，马匹仅剩四万，兵员不满五万。
皇太极敏锐察觉到这是一个机会。于是，在第二年，也就是崇祯五年，在西拉木伦河汇集科尔沁、扎鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的台吉于西拉木伦河岸，总兵力约十万，挥师西进进攻林丹汗。
林丹汗再次不负众望，听到皇太极杀来的消息，拔腿就逃。这一次，觉得蒙古已经没有他的容身之所，于是他一路西逃，跨过明境，逃入青海，与前几天进入青海的却图汗挥师。这一路上，惶惶如丧家之犬，部众大多流落，就连自己的福晋也都在逃亡中失散。
皇太极一路势如破竹，穷追林丹汗四十一天，五月进驻归化城，追杀道黄河边缘，得知林丹汗已经逃入青海，这才带着大量缴获，人口，财务等撤了回去，此时已经是崇祯七年七月份。
然而，就在回去的路上，皇太极忽然调转方向，以明边将扰其境、杀其民、匿逃人为名，七月初八日入上方堡，进围宣府。十一日，崇祯紧急下诏由总兵官陈洪范据守居庸关，巡抚保定都御史丁魁楚等镇守紫荆、雁门。
十七日，京师戒严。二十六日，皇太极兵攻克保安，沿边诸城堡大多没有守备。八月，崇祯又分别派遣总兵官尤世威等支援边境。十五日，崇祯又下令宣大总督侍郎张宗衡节制各镇援兵。
然而，张宗衡得到圣旨之后，却不没有丝毫异动，反而将全部兵力汇之与怀仁城中闭门不出。至于怀仁城外则全都丢给了皇太极，任由他纵横驰骋。可怜百姓何其无辜，就这样被白白抛弃在胡尘之中，痛苦哀嚎，却又无人理会。
怀仁城中有人于心不忍，于是偷偷打开一条缝隙，希望能给百姓一条生路。谁知被张宗衡得知，勃然大怒，怒斥此人不顾大局，为小利而往大义，不将城外豺狼喂饱，这些豺狼则能心满意足离开？怀仁的局势如何得解？当场诛杀此人，以震慑众人。
皇太极在怀仁城下围城十余日，没有寻到丝毫破绽，于是调转方向，南下攻入灵丘，企图从紫金关攻入京师。
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灵邱知县蒋秉采募兵坚守，二十日不敌，被皇太极攻入城内。城中守备陆世奇，把总陈彦武、马如豸，典史张标，教谕路登甫，全部战死。城破后，知县蒋秉采自缢死，其家全家为国殉葬，远近震惊。
不过蒋秉采的死也让皇太极意识到，大明气数未尽，在大明内部，仍有数不清的忠贞义士，愿意为大明，为心中的那份忠义，赌上自己的身家性命。
皇太极心中长叹，自己还是小看了大明二百余年的煌煌天威，在天下人心中，大明依旧还是正统。
矗立于高高的太行山上，感受着怒吼的狂风，皇太极健硕的身躯，忽然颤了颤。陪伴在一旁的年仅二十岁上下，正值年轻气盛的多尔衮上前扶住了皇太极，“大汗，怎么了？”
皇太极只感觉刚才的天旋地转忽然又一下子消失了，推开多尔衮，站了起来，“无妨，风大罢了。”
多尔衮心中疑惑，却又不敢多问，退到一边。
“范家送的粮食都收到了没？”皇太极问道，“此番，咱们虽然击溃林丹汗，那些归化城，俘虏数万牧民，但是要是没有大明的粮食，这个年，可不好度过。”
“大汗放心，范家送来的粮食，都已经查验过了，分毫不差。已经足以支撑我满洲儿郎，度过这个难关了。”
“这就好。”皇太极的脸上浮现出一丝欣慰，“当初父汗在世之时，曾说过，大明根深叶茂，犹如参天大树，而我满洲与之相比，真如蜉蝣撼树，螳臂当车。要不是他们汉人人心不齐，其中更有如范永斗，范文程之辈为我满洲出谋划策，恐怕我还真不知该如何对付这个庞然大物。”
然听到此话，多尔衮却不屑道：“大汗何必长他人志气，灭自己威风。汉人虽多，却是一盘散沙，昔日父汗曾言，我满洲只需如伐砍大树，先去其枝干，断其根系，使其慢慢枯竭，最后等到大树慢慢枯死，就是我满洲成功之事。”
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看着眼前信心满满，根本不知畏惧为何物的十四弟多尔衮，皇太极的眼中浮现出复杂的神情，似是好笑，似是欣赏，又好似忌惮。
皇太极忽然感觉乏了，道：“好了，咱们回去吧。”
“是。”多尔衮不敢反驳，跟在皇太极屁股后面，朝军营中走去。来到军营门口，皇太极忽然对多尔衮下令道：“传我军令，大军开始撤退。”
“大汗？”多尔衮一愣，随即便要开口询问。
“不必多问，我自有计较，传令吧。”
“是，臣弟遵旨。”
崇祯七年八月二十八，皇太极忽然放弃了近在咫尺的紫金关，掉头折返，临走之时，同样将灵丘附近的军堡全都洗劫一空，这才大模大样撤离灵丘，向着宣府长城一线撤退。大军一路退到天镇城。此时，大同总兵曹文诏便驻扎在天镇城内。
曹文诏不耻张宗衡的怯懦卑鄙，孤军而出，向皇太极大军偷袭。然敌我势力悬殊太大，曹文诏寡不敌众，最终不敌，败退下来。
皇太极此时已经完成了原本进攻大明所有目标，此时一门心思要退回辽东，根本就没工夫理会一介败将，眼见曹文诏依然逃亡，象征性的派精兵追击二十里之后，便回军撤退。最终，经过张家口长城一代，破长城而出，离开了关内。