既然高迎祥已逃，湖广境内其他流寇仅凭湖广当地守军就能剿灭，故而洪承畴再待在湖广已经没有任何意义。于是，崇祯八年五月底，在荆州休整了几天，洪承畴重新踏上了北上河南的脚步。
大军行进道南阳，一个令人不安的消息传来，五月十五，也就是在洪承畴在湖广围剿高迎祥之时，流窜在陕西境内的李自成突然从北方南下，攻克了凤翔。
洪承畴得知消息之后，久久不语，直到身边军将询问之时吗，才下令大军加速北上。
走至叶县，已经是六月十五，更多消息传来，李自成攻克陕西之后，并没有浪费时间，而是继续东向，连续攻克了武功，扶风、武功、眉县、咸阳等地，兵峰再次指向西安。
不仅如此，在蓝田一带发现了被打残的流贼闯王高迎祥的旗帜。同时，在五月之时，曹操罗汝才，与八大王张献忠，闯塔天刘国能等流寇，在归德府聚集，共同攻打归德府府治商丘。
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万幸在流寇攻克商丘以前，山东巡抚朱大典率军及时赶到，惊走贼众，并率军追击流寇，连续在宁陵，拓城，太康，扶沟等地连续击溃流寇联军，俘虏贼众三万有余，击毙一万人，贼势大减。
此时，身处京城的崇祯终于意识到在义军流动作战情况下，全面围剿，势难成功，于是又改用分区负责，重点进攻的方针，令洪承畴重新担任三边总督，专负责剿灭陕西贼众。
卢象升以围剿高迎祥之功，接替唐晖出任湖广总督，驻襄阳。又令山东巡抚朱大典驻凤阳，负责剿灭河南，江北，山东等地流寇。
接到旨意，朱大典叫苦不迭，自家人知道自家事，他能击败流寇，全凭一时运气，根本就无运筹帷幄之能，如何能统帅三军？于是，前后三次奏请朝廷辞去三省总督之职，然而崇祯一概不许。朱大典只能硬着头皮上任。
六月初，张献忠联合罗汝才，刘国能等人，欲效仿当初奇袭破凤阳之举，故而欲出兵攻打显陵，也就是嘉靖皇帝的老爹恭睿献皇帝朱佑杬的墓（皇帝名义是追封），带兵行至确山。
朱大典闻之，不敢怠慢，连忙带兵出凤阳，取道汝宁府，想要进入湖广。走至信阳中山铺一带，四周伏兵四起，朱大典方寸皆乱，无计可施。官兵被张献忠大败，仓皇逃窜，张献忠等人随后追之，于新蔡龙口一带追上朱大典。
朱大典此时叫天天不应，叫地地不灵，在乱军之中，拔剑自刎。经此一战，张献忠等人势力一跃扩充至十万。兵分三路，泛南阳，归德，江北凤阳一带。
崇祯八年六月二十三，罗汝才率军三万，越过南阳，劫掠唐县，泌阳一带，并最终带兵抵达新野。湖广总督卢象升越境，出襄阳，在新野迎战罗汝才。
是役，天地昏暗，狂风大作，罗汝才的大旗被狂风吹翻，军心不稳。卢象升抓住这个机会，率军猛攻罗汝才的中军。罗汝才不敌，大败奔逃，大军随之崩溃。
卢象升带人狂追五十里，打得罗汝才魂飞胆丧，草木皆兵，最终只带了三十六骑勉强逃出卢象升的手掌。
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消息传到京师，已经被弄得焦头烂额的崇祯当即眼前一亮，下令设立“五省总理”的差使，由卢象升兼任，统辖南直隶、河南、山东、四川、湖广五省军务。
卢象升接到任命后，向朝廷呈上“平寇十要”即：一办饷；二筹兵；三用人；四任将；五设险；六定功罪；七明分合；八专责成；九以民攻贼；十以贼攻贼，又奏“三大机宜”即：剿荡大局、兵饷全筹、督理专力，崇祯捏着鼻子全部采纳。
于是，卢象升带着手中大军，急速奔向南直隶，并与崇祯八年七月二十二，在庐州府击溃了正要侵犯庐州的张献忠部。张献忠随即回兵，意图向北重攻凤阳。
卢象升一路尾随，连续在阜阳，开封等地，连续击败张献忠于刘国能的联军。张献忠被破南下由商洛道进入陕西。
而于此同时，三边总督的洪承畴也已经赶到了潼关。然而此时，以往无往不利的洪承畴却并没有直接进入陕西，反而在潼关驻扎了下来。另一方面，李自成也在拿下咸阳之后，收拢了兵峰，迟迟没有向西安展开进攻。
此时的两人，就宛如一个正要决战的剑客，彼此摆出姿势，只等待对方出招。
或许还有一个原因，自从洪承畴丢了七省总督的名头之后，手中的兵力大幅减少，其中直属于洪承畴自身的洪兵，也是就是洪承畴手中平定四方的精锐，只剩下一万人上下。即便加上曹文诏，艾万年、柳国镇等人，一共也不超过三万。
然而，对面的义军能有多少人？大小七十二营义军，合计足足有二三十万之众。虽然这些兵或许不会全都听命与李自成，但是仅仅面对着这么多人，是个人都有如山的压力。不仅如此，陕西旱灾持续，官府贪墨横行，导致饥民遍地，虎狼成群。
这些饥民，随时都会在义军被打击过后，成为义军的补充。可以说，义军死一个人，能瞬间补充两个，而洪承畴战死一人，大军就只能少一人，根本无从得到补充。这也是洪承畴如此忌惮的原因之一。
崇祯八年七月二十，高迎祥在蓝田停留了一个月之后，派人前往凤翔，跟李自成借兵。李自成当即命令，自己的大将刘敏宗，率领精兵一万，前往蓝田归高迎祥调遣。
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高迎祥得知之后颇为感动，立誓绝不忘今日借兵之恩。等刘敏宗带人来到鄠县之时，高迎祥也从蓝田赶到鄠县。随后两军合兵一处，共击鄠县。
鄠县知县大惊失色，一天连发十三道求救信，向西安城内的陕西巡抚练国事救援。练国事不敢大意，随即遣人快马加鞭赶至潼关，将此消息禀报给潼关的洪承畴。
谁知洪承畴却抚须大笑：“贼露破绽矣。”于是，派遣副将艾万年、柳国镇两人率兵六千，救援鄠县。
艾万年、柳国镇不敢怠慢，接到命令之后，星夜出发，在鄠县城破之前，赶到鄠县，并与高迎祥，刘敏宗两人交战。
然，高迎祥此行带来的都是各自最后的底牌，而刘敏宗所领之兵也是李自成多年积累，经历大大小小各种战役无数的老营精锐，再加上尤其是那般容易就能被击溃？双方从中午一直战至半晚，艾万年、柳国镇两人不敌，撤往鄠县。高、刘二人随即包围鄠县，并向凤翔的李自成请援。
李自成得知击溃了洪承畴的部将，瞬间意识到，这是一个机会，有道是伤其十指，不如断其一指，倘若能在鄠县将艾万年、柳国镇斩杀，也能让洪承畴伤筋动骨。看书喇
于是，在略作安排之后，便率领大军东进，欲鲸吞艾万年、柳国镇这支兵马。
谁料洪承畴等的就是此刻，当即命令曹文诏率领本部八千精锐，奇袭凤翔。曹文诏得令之后，日夜兼程，一日行军二百里的速度，紧紧用了三天时间，就从潼关赶到了凤翔。
此时的凤翔根本毫无准备，被曹文诏仅用一个冲锋，便拿下。曹文诏拿下凤翔之后，洪承畴也亲帅大军，来到了西安。
此时，李自成方才如梦初醒，知道中了洪承畴的奸计，于是果断放弃鄠县，转而向西逃窜。