这边超梦和光斗在相互交谈，而那边小智进入了制造机器，火箭队三人组则正在破坏机器。
终于，在小智和火箭队三人组的内外结合下，克隆机器被毁坏了。
小智他们释放了所有的精灵。
超梦听到爆炸后，直接瞬间移动来到了现场，放出了克隆体。
一场精灵VS克隆体之间的战役打响了。
“喷射火焰。”
“水炮。”
“十万伏特。”
“阳光烈焰。”
“急冻光线。”
……
精灵与克隆体展开了大战，不过只有一处是不同的。那就是小智的皮卡丘面对克隆体，打不还手，骂不还口，只是在哭泣，哭泣克隆体的悲哀。
与此同时，一只精灵出现在了超梦面前，那就是梦幻。
超梦见到梦幻情绪直接失控了，爆发全部力量向梦幻攻去。
梦幻则以超能力相抗衡，两者的超能力护盾相互发生碰撞，在天空出现一道道能量波，将乌云密布的天空撕裂了。
光斗他们一行人看到这战况只能说无能为力，神兽的力量太强了，无法插入其中。
精灵与克隆体的战斗，新岛上蔓延出一股悲伤的气息。精灵没理由要和克隆体战斗，就像没必要和自己战斗一样。而克隆体自身根本不知道为啥战斗，只是在超梦的命令下战斗。
小智看到皮卡丘被击飞，又看到大家的战斗，他发出无奈的大喊：“不要战斗了。”
小智喊完后，冲入了超梦和梦幻的中间，接受了两者的攻击。小智被他们的攻击石化了。
“皮卡皮卡匹。”（小智。）
“小智。”众人异口同声地喊道。
皮卡丘跑向了小智，大声叫喊道。可惜小智已经石化了，没法给出回应，不过一滴泪珠落在了皮卡丘上。而正在战斗的精灵也停了下来。
皮卡丘一边呼喊小智，一边流下了眼泪。皮卡丘和小智的羁绊感动了在场的精灵与克隆体，他们也纷纷流下了眼泪。
奇迹发生了，这些泪珠感动了梦幻和超梦，他们也停了下来，使用力量恢复了小智。印入小智眼睑的就是痛哭的皮卡丘，小智也不自觉地抱着皮卡丘哭了起来。
超梦冷静了下来，自己没有权利逼着克隆体进行战斗，自己与梦幻的战斗意义在哪。
超梦一下子迷茫了起来。
“我是谁。”
“超梦，你就是你，你也是神奇宝贝，你的名字就叫超梦。你诞生了，就表明了你的存在。我家乡有句话说得好，存在即是合理的。你不用跟梦幻相比较，你们是属于不同的精灵个体。”光斗使用波导与超梦进行交流。
“谢谢你，光斗。我知道了。”超梦释怀道。
“如果你还迷茫的话，可以来找我，跟着我去看看不同的人与不同的精灵以及不同的羁绊。”（好想有个大佬照顾我。）
“你还太弱了。等你有能力来挑战我的时候，我再跟你走。”
一个印记悄然烙印在光斗的右手上，只要超梦在附近才会显现。
梦幻看到超梦冷静了下来，一个瞬间移动消失了。
超梦先是解除了乔伊小姐的催眠，之后以超能力带走了克隆体，带他们飞向了远方。
天亮了，光斗和小智他们所有人在港口醒了过来。经过相互交谈，他们失去了这几天的记忆。
光斗看看了手，装作也失忆了。其实，他还有超梦和梦幻的记忆，是他体内的波导隔绝了他们的抹除，同时，他也回忆起了蓝星的记忆。