悖论之泉的涟漪尚未消散，宇宙的时间线突然泛起诡异的波纹。莱娅的灵羽族圣地中，所有记录历史的星纹石碑同时渗出银色液体，碑文上的文字开始逆向流动，曾经被歌颂的英雄事迹逐渐被抹除，取而代之的是陌生的黑暗传说。阿雷克斯的量子监测网络捕捉到异常的时间震荡，在距离银河系三亿光年的“时墟星域”，空间正在以螺旋状的轨迹回溯，恒星从红巨星逆转为原始星云，文明遗迹化作尘埃后又重组为未知形态。
苏尘与洛瑶的身体出现了时间错位的症状。苏尘的皮肤上交替浮现幼年与老年的纹路，混沌之力时而失控地撕裂时空，时而又将破碎的空间强行拼接；洛瑶的星光则分裂成无数个不同时间点的投影，她能同时看到过去的自己在修炼，现在的自己在战斗，未来的自己却化作一尊凝固的光雕。两人在冥想时，意识被卷入一条逆流的时间长河，河水中漂浮着无数被篡改的历史残片：十二工匠成为了毁灭宇宙的暴君，创生之树化作汲取生命的巨藤，而他们自己，则沦为黑暗势力的帮凶。
银河守望者联盟的侦查舰队在时墟星域全军覆没。幸存者传回的最后画面中，舰员们的身体正在经历不同步的时间侵蚀——有人的骨骼从皮肤下迅速生长又快速腐朽，有人的意识被困在无数个平行时间的记忆夹层中，痛苦地嘶吼着“这不是真相”。薇尔莉特带领的精锐小队装备了新型“时锚稳定器”深入调查，却发现稳定器在接触时间波纹的瞬间，反而加速了自身的时间坍缩，队员们的装备从高科技产物退化为原始石器，最终只剩下飘散在时空中的尘埃。
莱娅通过灵羽族失传的“溯命占卜”秘术，窥见了震撼的真相。在宇宙诞生之初，十二工匠为了防止文明过度干涉时间法则，在各个时空节点埋下了“时墟裂隙”。这些裂隙如同时间的免疫系统，当某个时间段的文明发展威胁到宇宙的时间平衡时，裂隙便会启动，将该区域的时间强行回溯或加速。然而，随着宇宙经历多次危机，时墟裂隙的核心“时墟之眼”产生了自我意识，它偏执地认为所有文明都是时间秩序的破坏者，决定将整个宇宙的时间归零，重启一切。
阿雷克斯带领科研团队解析出惊人数据：时墟之眼的运作模式与全宇宙文明的集体潜意识紧密相连。每当文明对时间的探索加深，或是试图改变历史的欲望增强，时墟之眼的警戒等级就会提升。机械联邦启动“时间防火墙”计划，用整个星系的能量构建抵御时间逆流的屏障；灵羽族发动“万灵守时”仪式，以全族的生命能量编织时间稳定网。但这些努力在时墟之眼的力量面前收效甚微，越来越多的星域被卷入时间漩涡。
苏尘与洛瑶在时间长河中艰难前行，他们每穿过一个时间碎片，都要面对一次对信念的考验。在某个碎片里，他们目睹了自己亲手摧毁轮回之树的场景；在另一个碎片中，宇宙早已在时间乱流中湮灭，只剩下他们两个孤独的幸存者。但在最黑暗的时刻，两人的意识深处响起了全宇宙文明的呼唤，那些微弱的希望之光，成为了他们手中最锋利的剑。
全宇宙文明在现实中发起总攻，试图摧毁时墟之眼。机械联邦的超级战舰组成矩阵，发射出能斩断时间线的“量子刃”；灵羽族的祭司们用生命为代价，召唤出远古守时灵；普通星球的居民们将对未来的憧憬凝聚成希望之箭。苏尘与洛瑶则在时间长河中找到了时墟之眼的核心，那里是一个由无数钟表齿轮组成的巨型装置，每个齿轮都刻满了被抹去的历史真相。
当混沌之力与星光之力同时击中时墟之眼，整个时间长河开始剧烈震颤。苏尘与洛瑶引导全宇宙的希望之力，将被篡改的时间线重新编织。时墟之眼在崩溃前发出不甘的怒吼：“你们终将为破坏时间秩序付出代价！”但随着最后一个齿轮停止转动，被囚禁的历史真相重见天日，时间线逐渐回归正轨。
战后，时墟星域被改造成“时间纪念馆”，记录着宇宙历史上每一次时间危机。苏尘与洛瑶的力量化作守护时间的永恒之光，每当时间法则出现波动，他们的光芒就会照亮混乱的时空。而在宇宙的某个角落，新的危机正在时间的褶皱中悄然孕育，等待着文明们去迎接下一次挑战。