自从神秘岛一役后，表面上世界重归平静，阳光依旧普照大地，城市车水马龙，人们按部就班地生活着。然而，在这看似平静的表象之下，一股暗流正悄然涌动。
柯南回到了米花町，尽管生活看似恢复了往日的模样，但他始终保持着高度警惕。他知道，神秘组织绝不会善罢甘休。每天晚上，当城市陷入沉睡，他总会坐在窗前，望着繁星点点的夜空，思考着神秘组织可能的下一步行动。
而灰原哀则回到了阿笠博士的家中，继续她在实验室的研究工作。她一方面致力于研发能彻底解除柯南身体异常状态的解药，另一方面也在分析从神秘岛带回的各种数据，试图找出神秘组织更多的秘密。
国际刑警组织也并未放松警惕，他们在全球范围内展开了对神秘组织残余势力的追捕行动。然而，神秘组织似乎消失得无影无踪，如同鬼魅一般，没有留下任何明显的线索。
一天，柯南像往常一样在帝丹小学上课。课间休息时，他的手机突然收到一条匿名短信：“小心身边人，危险将至。”柯南眉头紧皱，心中涌起一股不祥的预感。这条短信来得太过蹊跷，它到底是敌是友？是真正的警告，还是敌人故意设下的陷阱？
放学后，柯南没有立刻回家，而是来到了阿笠博士家，将短信的事情告诉了灰原哀和博士。灰原哀看着手机屏幕上简短的几个字，表情凝重：“这很可能是神秘组织的手段，想要扰乱我们的心神。但也不排除是某个知道内幕的人在暗中帮助我们。”
“不管怎样，我们都不能掉以轻心。从现在起，我们要更加小心谨慎。”柯南说道。
就在这时，阿笠博士的电视突然自动打开，画面中出现了一个模糊的身影。“工藤新一，宫野志保，你们以为摧毁了神秘岛，就可以高枕无忧了吗？你们太天真了。我们的计划远比你们想象的要复杂得多。接下来，你们将为自己的所作所为付出惨痛的代价。”神秘人的声音低沉而充满威胁。
“可恶，他们到底想干什么？”柯南愤怒地握紧了拳头。
画面中的神秘人继续说道：“接下来的日子，你们身边将危机四伏。每一个看似平常的角落，都可能隐藏着致命的危险。看看你们能在我们的阴影下撑多久。”说完，电视画面“啪”的一声关闭了。
“看来他们真的要展开报复行动了。”灰原哀说道。
柯南沉思片刻后说道：“我们不能被动等待，必须主动出击。灰原，你继续分析那些数据，看看能不能找到神秘组织下一步行动的线索。我去和国际刑警组织联系，看看他们那边有没有新的发现。”
柯南来到了国际刑警组织在东京的联络处，与负责人见面。负责人无奈地摇了摇头：“目前我们还没有找到任何关于神秘组织残余势力的踪迹。他们就像人间蒸发了一样。”
柯南陷入了沉思，神秘组织既然敢发出威胁，就一定有所行动。他们不可能毫无准备地虚张声势。突然，柯南想到了之前在神秘岛上发现的一些文件碎片，那些碎片上记录了一些奇怪的符号和数字，当时由于时间紧迫，没有仔细研究。
“那些文件碎片在哪里？我们需要重新仔细研究一下，说不定能从中找到线索。”柯南说道。
在国际刑警组织的资料室里，柯南和工作人员一起重新审视那些文件碎片。经过几个小时的努力，他们终于有了一些发现。那些符号和数字似乎与某个即将在东京举办的国际科技峰会有关。
这个国际科技峰会汇聚了全球顶尖的科学家和科技企业代表，众多前沿科技成果将在峰会上展示。柯南心中一紧，神秘组织很可能会在峰会上搞破坏，或者利用这个机会窃取重要的科技成果，以实现他们不可告人的目的。
柯南立刻将这一发现告知了灰原哀和国际刑警组织。“如果神秘组织真的打算在峰会上动手，那么他们一定会提前安排人手混入其中。我们必须尽快找到他们的渗透方式。”灰原哀说道。
国际刑警组织迅速行动起来，对所有参会人员的背景进行了详细调查。然而，由于参会人数众多，调查工作进展缓慢。
与此同时，柯南和灰原哀也在米花町展开了调查。他们走访了各个与科技峰会相关的场所，试图找到神秘组织的蛛丝马迹。
在调查过程中，柯南遇到了一个行为诡异的人。这个人总是在峰会举办场地附近徘徊，眼神闪烁，似乎在观察着什么。柯南不动声色地跟踪着他，发现他走进了一家废弃的工厂。
柯南小心翼翼地潜入工厂，里面弥漫着一股陈旧的气息。他听到了几个人低声交谈的声音。
“计划准备得怎么样了？峰会马上就要开始了。”一个声音说道。
“放心吧，一切都按照老大的安排进行。我们已经在会场安装了炸弹，只要到时候引爆炸弹，就能制造混乱，我们趁机窃取那些重要的科技资料。”另一个声音回答道。
柯南心中大惊，没想到神秘组织的计划如此狠毒。他必须尽快通知国际刑警组织，阻止这场阴谋。然而，就在他准备悄悄离开时，不小心踩到了一块生锈的铁板，发出了声响。
“谁？”工厂里的人警觉起来，纷纷拿起武器，朝着柯南的方向围了过来。
柯南知道自己已经暴露，他迅速掏出足球腰带，弹出一个足球，朝着敌人踢去。在狭窄的工厂空间里，足球如同一颗炮弹般飞射而出，击中了几个敌人。但敌人人数众多，柯南渐渐陷入了困境。
就在这时，灰原哀及时赶到。她用手中的麻醉枪射中了几个敌人，为柯南解了围。两人携手与敌人展开搏斗，最终成功制服了这些神秘组织的成员。
从这些人口中，柯南得知了炸弹的位置和引爆方式。他们立刻通知国际刑警组织，拆除了会场的炸弹。
然而，事情并没有就此平息。就在国际科技峰会即将开幕的前一天，国际刑警组织收到消息，神秘组织似乎改变了计划，他们准备从另一个方向发动攻击，而且这次的行动更为隐秘，目标也更为致命。
柯南和灰原哀深知，更大的危机还在后面，他们必须争分夺秒，再次揭开神秘组织的阴谋，阻止他们的疯狂行动，守护这座城市，守护世界的和平......