但自我怀疑归自我怀疑，康熙该做的事情还是要做的，在看了一眼奏折以后，康熙将西北有战功的年羹尧提拔为川陕总督，之后，康熙立刻派遣将领去镇压朱一贵的起义军。
此时，台湾的朱一贵义军却陷入了内斗。
事情是这样的，随着起义军节节胜利，台湾被起义军占领了，朱一贵的手下们立刻开始出馊主意，就说大家跟着你打天下需要一个名分，劝朱一贵称王。
朱一贵本来就是农户出身的，确实也没怎么读过书没什么见识，于是朱一贵答应了称王。在打下了台湾府城以后，整个台湾除了北部淡水以外，都已经由义军掌控，原本的台湾知府王珍也已经逃得不见人影了。于是，朱一贵由“大明中兴大元帅”称号改为“中兴王”，建元“永和”。这体现了朱一贵确实有短视的弱点，立足未稳时却选择称王，这排斥了台湾本地的士绅阶层，他们想要染指权力，但朱一贵急着称王分割权力，导致他们没拿到想要的——士绅阶层离心了。
当然，这其实也不是什么大事，自古以来的农民起义目标都是打碎旧王朝，也自然不一定要和士绅阶层合作！但朱一贵起义的问题最终还是出在内部。
此时义军仿佛形势大好，随着义军的节节胜利，内部的矛盾分裂就开始了，之前率部加入了起义军的杜君英开始想获得更大的权力。由于朱一贵没有儿子，杜君英居然提出了离谱的要求：“大王，既然你没有儿子，何不立我的儿子当太子？这样我们两家如一家，才有机会推翻清朝！”
杜君英也是个短视的人，台湾都没全部打下来，他就开始想天下了，并且提议自己儿子当别人家的太子，这种话简直是滑稽。朱一贵虽然没有什么文化，却也直接拒绝了杜君英：“我朱一贵虽没什么学识，但也知此等事不可胡来。你莫要再提这荒唐要求，好好与我一同对抗清军才是正理。”杜君英见朱一贵拒绝，心中大为不满，表面上应承着，可暗地里却开始谋划。他联合了一些同样对朱一贵心怀不满的将领，打算伺机而动。而朱一贵这边，并未完全意识到内部的危机，依旧忙着部署防御清军的事宜。
此时，被派来镇压起义军的清军将领已率领大军逼近台湾。清军的逼近并没有让起义军内部的矛盾暂时被搁置，杜君英在寻找着新的机会。在一次与清军的小规模冲突中，杜君英故意拖延战机，导致义军损失惨重。朱一贵得知此事后，怒不可遏，他决定彻查此事，而这一查，也让杜君英的阴谋逐渐浮出水面…
杜君英立马率部逃亡出走，这让义军的战力受到了极大削弱。清朝派来的将领也不是弱者，康熙亲自点将，派遣的是福建水师提督施世骠、南澳总兵蓝廷珍，带领着精锐的水陆大军逼近。6月16日清军从鹿耳门登陆，却立刻听说了起义军内部杜君英的叛逃消息。
施世骠明白镇压朱一贵起义还是要拉一派打一派，于是施世骠立刻派人去找杜君英了。杜君英脱离了朱一贵以后正愁没办法洗白呢——他自视甚高，认为朱一贵离开了他就成不了大事（虽然事实如此，起义军实力被削弱，就注定打不过了）。于是杜君英立刻和施世骠派来的手下见面了。
杜君英开门见山：“若我归顺朝廷，可继续为民否？”杜君英的姿态摆得很低，并没有依靠自己的势力要求当官，这让使者听着很舒心。使者道：“杜壮士若能归顺朝廷，协助朝廷平叛，莫说继续为民，朝廷定有重赏。只要你能劝降部分叛军，或在战场上立功，加官进爵也并非不可能。”杜君英听后，心中一动，他本就为了权力，如今有此机会，自然不愿错过。当下便与使者商定了合作事宜，准备协助清军攻打朱一贵。
而朱一贵得知杜君英投靠清军后，又气又急，却也只能强撑着组织剩余义军抵抗。此时义军人心惶惶，战斗力大不如前。施世骠和蓝廷珍率领清军，在杜君英的指引下，对义军展开了猛烈攻击。朱一贵虽奋力抵抗，但在清军和杜君英的夹击下，义军节节败退。没过多久，朱一贵的起义军便被彻底镇压。
清军攻陷台湾府城，朱一贵退守沟尾庄。7月，朱一贵的部下杨旭、杨雄等叛变，设计灌醉朱一贵，将他交给了清军，朱一贵被俘，押送到京城等待斩首。
朱一贵只有一身蛮勇，知道自己难逃一死反而什么也不怕了。康熙在上朝时见到了这名噪一时的朱一贵。康熙虽然知道朱一贵起义事出有因，但作为皇帝在朝堂公审，必然还是要拿出该有的威严，康熙质问道：“你们口口声声说台湾官吏贪污腐败，为什么不选择向福建巡抚之类的大官检举？”
朱一贵不屑道：“狗皇帝你没点数吗？都到台湾做官了，哪个不是个顶个的混蛋？不是混蛋还不会被贬到台湾来呢！更何况，台湾是个孤岛，王珍让我们出海捕鱼都要给他钱才行，还跨过大海去找知府？我看你就是那啥…哦对，就是读书人说的，何不食肉糜！”
康熙听了朱一贵这番话，脸色瞬间阴沉下来，朝堂上的气氛也变得紧张起来。大臣们纷纷低下头，不敢出声。康熙怒极反笑：“好一个伶牙俐齿的反贼！朕治理天下，岂容你这般污蔑！”
朱一贵梗着脖子，大声道：“我不过是个农户，若不是被逼得走投无路，谁愿意造反？你若不信，大可派人去台湾查访，看看我说的是真是假！”
康熙心中一动，他治理天下多年，深知民间疾苦，也明白地方官吏贪污腐败之事时有发生。他沉思片刻，挥手道：“先将这反贼押入大牢，朕自会派人去台湾彻查此事。”
朱一贵被押下去后，朝堂上炸开了锅。有大臣认为朱一贵大逆不道，应立刻斩首示众；也有大臣觉得康熙应借此机会整顿台湾吏治。康熙看着众大臣争论不休，心中已有了主意。他决定：朱一贵已经谋反，必须杀，但台湾的相关问题也必须改进了，不能让台湾百姓继续学朱一贵！
八月份，台湾又发生了风灾，而此时，原本的台湾知府王珍已经在清军打下台湾以后被捕了，还在大牢里面关着呢！康熙借风灾的名头，痛斥了王珍为首的台湾贪官势力，又亲自下令下放赈灾粮食运送到台湾，这次康熙专门强调是不分民族，平等分粮食。
康熙又想起了大牢里的王珍，在他看来，朱一贵必须杀，但王珍居然能养出来朱一贵，那更是不可饶恕。说完赈灾的事情以后，康熙立刻说：“将王珍等一干贪腐官员即刻押赴刑场，斩首示众，以谢台湾百姓！”此言一出，朝堂上众人皆惊。康熙接着道：“朕向来严惩贪污腐败，王珍之流，在台湾肆意搜刮民脂民膏，逼得百姓造反，实乃罪大恶极。朕定要让天下人知道，贪污腐败者，绝无容身之地！”众大臣纷纷跪地称是。
随后，康熙又开始着手安排台湾的后续治理事宜，选派清正廉洁、有能力的官员前往台湾任职，加强对地方官吏的监管。同时，鼓励百姓垦荒种地，恢复生产。对于朱一贵，虽其造反事出有因，但谋反之罪不可恕，最终还是被判斩首。而经过这一番整顿，台湾的局势逐渐稳定下来，此时已经到了康熙61年。
康熙经过朱一贵的“朱三太子起义”以后，态度大变，他开始觉得胤礽之前替王士元说话也不是没有道理的。杀了王士元，果然没解决任何问题，甚至还能有朱一贵！
康熙对胤礽态度大变，以至于对胤祉都变得更加亲近，祭天都开始让胤祉多去。这让正在和隆科多策划种种阴谋的胤禛感觉到了不对劲。胤禛立刻找到了隆科多。此时胤禛对隆科多要多客气有多客气，毕竟他在京城的布局全都要依靠隆科多！何况，隆科多在朱一贵起义的镇压过程中也负责了粮草调度，此时的隆科多可是军（步兵统领）政（理藩院尚书）财（刚染指了行军的财政）集于一身的权臣！
胤禛对隆科多说：“舅舅，皇阿玛好像对废太子态度不正常，连带着对老三都好起来了，我是不是应该做点什么？”隆科多可是老江湖了，他说：“你去阴戳戳地暗示皇上你支持三立太子，骗取皇上的信任，注意，是阴戳戳暗示，不是直接说！废太子除了三阿哥诚亲王以外，并没有明面上敢支持他的人，你要是直接说，皇上会觉得你在猜他的心思，到时候你性命难保。”
胤禛想到胤祉最近多次独自祭天，而他自己被康熙派去祭天的时候，往往有胤禟的儿子弘晸或者胤祉的儿子弘晟一起，甚至弘晸和弘晟才是主祭祀！这更让胤禛觉得张晓生前说的“皇上最后一段时间对你特别信任”纯粹是扯淡，他必须要自己谋划！
于是胤禛听了隆科多的话，开始行动了，某天在上朝结束后，胤禛借口“和皇阿玛一起散散步”，和康熙一起在宫里遛弯。胤禛像是不经意一样提起：“皇阿玛，儿臣近日听闻民间有不少人议论，说废太子当年也是被人蒙蔽，若能有机会改过自新，或许能成为社稷之福。”康熙脚步一顿，转头看向胤禛，目光锐利：“哦？你也这么觉得？”