而至于应该怎么对付这些大豪商，左光斗还是很有经验，不必杨涟来教他。
左光斗毕竟身负重任，同时也主要是担心这些商贾们得知他在扬州上岸也来打扰，所以只在扬州待了一晚，第二天就换乘两淮运司的官船从扬州赶赴苏州，先去面见应天巡抚兼苏松发运使朱燮元，作为南直的督抚，朱燮元对于当地的情况肯定是比较了解的。
而在京师，朱常洛也在处理相关的政务，最近对于朝廷来说，最大的事情就是对于宣大官军的整顿了，按照之前朱常洛与内阁、兵部所商量的方案，这次在辽东战事中立功升迁的军官，在经过国子武学的培训之后，准备大批的安置到宣大和山西三镇官军之中任职去。
这对于朝廷来说是必须要认真对待的一件事情，一来就是整顿宣大兵防，加强大明干涉蒙古的能力，对于稳固大明的北部边疆来说是极为重要的事情，但是大批量的更易官军的中低级军官，是一件非常之敏感的事情，尤其是宣大三镇的军官，他们也已经形成了抱团的将门势力。
而且宣大是有哗变的前科的，对于朝廷来说，必须要十分的重视才行，就此事朱常洛不仅仅是和王象乾、熊廷弼、戚金等人充分交换了意见，也和宣大总督石昆玉、提督杜松还有宣府总兵马林等详细商量了具体的办法。
首先就是要震慑宣大三镇的这些大小军头们，石昆玉和杜松等人到任之后，第一件事情就是清军，对于宣大三镇的士卒、马匹等实有数量加以详细的核实，同时将官军的后勤交由新成立的发运司以及下属饷司负责。
果然不出朱常洛的所料，宣大三镇的官军空饷比例之高，是令人咋舌的，宣府镇原额官军一十二万六千三百九十五员名，大同镇先年原设旗军一十三万五千有奇，马五万一千有奇。嘉靖间，偶因一二岁边事稍宁，遂议销兵节饷，军仅以八万八千为额，马仅以三万八千为额，后又添设，总额十二万有余，山西镇额设官军五万四千人。
但是实际上，经过石昆玉等人的清查之后，山西、大同、宣府三镇之兵，合计不过十一万三千有余，马不过三万一千有余，空饷的比例早就超过了一半。
宣大三镇作为大明九边之中仅次于蓟辽的防区，每年朝廷的投入也是不少的，经户部核算，仅仅是经京运年例银一项，宣府镇嘉靖九年至三十年之间，宣府所发年例4、6、8万两不等。三十年，增发年例银10.125万两，合原额共计18.125万两。嘉靖四十五年议定经制，本镇年例岁额32.5万两，后以辽东紧急，减少宣府军饷，定为每年宣府岁额京运主客饷银共该二十九万九千有奇。
大同镇是九边重镇，地处山西北部，境内平虏、威远、右卫、水口等处皆为蒙古入侵山西内地的必经之路，且因地势平漫，利于骑兵驱驰的关系常多大举内犯。所以朝廷常年在大同镇维持重兵，以防范北虏的入寇，而京运年例银自然也是不少的。
据户部的奏报称：“大同镇正统七年始有京运，成化十九年始有主客兵。弘治 十三年、嘉靖二年始间发客饷，皆事宁即止，或通融兼支，不为额也。嘉靖十六年以前，京运不过七万两。自十七年以后，岁讨岁增，视前几至数倍。嘉靖十九年而主客分额，岁以为常。至嘉靖四十五年始定经制。此后非遇蠲免及警急增兵马，不敢溢于常数之外。其以事例、赃罚、存留抵补，然后计数给发者，则自隆庆六年始也，今同之。”
嘉靖四十五年各边议定经制，大同主客兵岁额定为40.9638万两，但是由于林丹汗的压力，大同镇的京运年例银往往是超额拨给的，万历以来，常常维持在45.0638万两作为。
山西镇的兵力是最少的，相对而言京运年例银也是最少的，但是山西镇辖区较广，仅边墙就西起山西保德县黄河岸，向北经河曲、偏关、清水河县老牛湾，转向东行，至鸦角山又趋向东南，历神池、宁武关等地折向东北，过代县、繁峙等县北，抵灵邱县平型关。再由始转向南去，经龙泉关、固关而达黄榆岭，长达一千六百余里，辖境内的广武站、北楼口、太原、石隰等地都堪称要害。
由于要防御的边墙比较漫长，所以所需要的经费也不少，山西镇主兵年例多次增加，嘉靖二十三年北楼口增加募兵数额后，该镇的主兵年例总额已增至16.8974万两。 嘉靖四十五年，各边议定经制，山西镇主客兵年例合计共为21.333万两。而从万历以来，山西镇年例岁额则一直稳定在20.63万两左右。
也就是说，仅仅是宣大三镇，每年的京运年例银就高达九十四万余两之多，这个数字绝对算是不小的，因为京运年例银仅仅是九边军饷的一部分，还有山西和北方各省的民运本色、折色，河东运司的开中食盐和余盐银，两淮开中的盐引等，都是用于支持宣大三镇官军军饷的。
但是实际上宣大三镇的空饷也是非常之厉害的，主要是由于承平日久，各级将校都松散懈怠，认为大明和北虏已经实现了和平，土默特部不会寇边了，所以即便是盘剥士卒、放纵士卒逃亡各级将校也都是心安理得的。
而户部对于此事是显然不能容忍的，户部尚书李汝华向朱常洛奏称：“祖宗御戎之法，规模宏远，东起辽阳，西至甘肃，烽堠万里，画为六镇，而蓟州、雁门又设重关以屏蔽之，各镇带甲儿四十万，岁费粮草以百万计，而今军额不减六十万，粮饷不啻数百万，户部支绌，臣僚书手，长此以往，非国家长久之计也。”
李汝华认为要裁减军额，提高战斗力，减少朝廷的粮饷消耗，这样才能够减轻户部的负担。